Traitement des images#

Cette section décrit les fonctionnalités de traitement d’image disponibles dans DataLab.

Voir aussi

Opérations sur les images pour plus d’informations sur les opérations qui peuvent être effectuées sur les images, ou Analyse sur les images pour des informations sur les fonctionnalités d’analyse des images.

../../_images/i_processing.png — Capture d’écran du menu « Traitement ».#

Lorsque le « Panneau Image » est sélectionné, les menus et barres d’outils sont mis à jour pour fournir les actions liées aux images.

Le menu « Traitement » permet d’effectuer divers traitements sur l’image ou le groupe d’images courant : il permet d’appliquer des filtres, de corriger l’exposition, de réduire le bruit, d’effectuer des opérations morphologiques, etc.

Transformation des axes#

Étalonnage linéaire#

Crée une image à partir de l’étalonnage linéaire (par rapport à l’axe des Z) de chaque image sélectionnée.

Paramètre	Étalonnage linéaire
Axe des Z	$z_{1} = a . z_{0} + b$

Permuter les axes X/Y#

Créee une image à partir des données inversées X/Y de l’image sélectionnée.

Ajustement des niveaux#

Normalisation#

Crée une image à partir de la normalisation de chaque image sélectionnée par maximum, amplitude, somme, énergie ou RMS :

Normalisation	Equation
Maximum	$z_{1} = \frac{z_{0}}{z_{m a x}}$
Amplitude	$z_{1} = \frac{z_{0}}{z_{m a x} - z_{m i n}}$
Aire	$z_{1} = \frac{z_{0}}{\sum_{i = 0}^{N - 1} z_{i}}$
Energie	$z_{1} = \frac{z_{0}}{\sqrt{\sum_{n = 0}^{N} \| z_{0} [n] \|^{2}}}$
RMS	$z_{1} = \frac{z_{0}}{\sqrt{\frac{1}{N} \sum_{n = 0}^{N} \| z_{0} [n] \|^{2}}}$

Ecrêtage#

Applique un écrêtage sur chaque image sélectionnée.

Soustraction d’offset#

Crée une image à partir du résultat d’une correction d’offset sur chaque image sélectionnée. Cette opération est réalisée en soustrayant la valeur de fond de l’image, qui est estimée par la valeur moyenne d’une zone rectangulaire définie par l’utilisateur.

Réduction de bruit#

Crée une image à partir du résultat d’un débruitage sur chaque image sélectionnée.

Les filtres suivants sont disponibles :

Filtre	Formule/implémentation
Filtre gaussien	scipy.ndimage.gaussian_filter
Moyenne mobile	scipy.ndimage.uniform_filter
Médiane mobile	scipy.ndimage.median_filter
Filtre de Wiener	scipy.signal.wiener

Analyse de Fourier#

Crée une image à partir du résultat d’une analyse de Fourier sur chaque image sélectionnée.

Les fonctions suivantes sont disponibles :

Fonction	Description	Formule/implémentation
FFT	Transformée de Fourier rapide	numpy.fft.fft2
FFT inverse	Transformée de Fourier rapide inverse	numpy.fft.ifft2
Spectre d’amplitude	Optionnel : utiliser une échelle logarithmique (dB)	$z_{1} = \| F F T (z_{0}) \|$ ou $z_{1} = 20 \log_{10} (\| F F T (z_{0}) \|)$ (dB)
Spectre de phase		$z_{1} = ∠ (F F T (z_{0}))$
Densité spectrale de puissance	Optionnel : utiliser une échelle logarithmique (dB)	$z_{1} = \| F F T (z_{0}) \|^{2}$ ou $z_{1} = 10 \log_{10} (\| F F T (z_{0}) \|^{2})$ (dB)

Note

La FFT et la FFT inverse sont effectuées avec décalage de fréquence si l’option est activée dans les paramètres de DataLab (voir Préférences).

Seuillage#

Crée une image à partir du résultat d’un seuillage sur chaque image, éventuellement basé sur des paramètres définis par l’utilisateur (« Seuillage paramétrique »).

Les paramètres suivants sont disponibles lors de la sélection de « Seuillage paramétrique » :

Paramètre	Description
Méthode de seuillage	La méthode de seuillage à utiliser (voir le tableau ci-dessous)
Classes	Nombre de classes pour le calcul de l’histogramme
Valeur	Valeur de seuil
Opération	Opération à appliquer (> ou <)

Les méthodes de seuillage suivantes sont disponibles :

Méthode	Implémentation
Manuel	Seuillage manuel (paramètres définis par l’utilisateur)
ISODATA	skimage.filters.threshold_isodata
Li	skimage.filters.threshold_li
Moyenne	skimage.filters.threshold_mean
Minimum	skimage.filters.threshold_minimum
Otsu	skimage.filters.threshold_otsu
Triangle	skimage.filters.threshold_triangle
Yen	skimage.filters.threshold_yen

Note

L’option « Toutes les méthodes de seuillage » permet d’appliquer toutes les méthodes de seuillage à la même image. Combinée avec l’option « distribuer sur une grille », cela permet de comparer les différentes méthodes de seuillage sur la même image.

Exposition#

Crée une image à partir du résultat d’une correction d’exposition sur chaque image sélectionnée.

Les fonctions suivantes sont disponibles :

Fonction	Implémentation	Commentaires
Correction gamma	skimage.exposure.adjust_gamma
Correction logarithmique	skimage.exposure.adjust_log
Correction sigmoïde	skimage.exposure.adjust_sigmoid
Egalisation d’histogramme	skimage.exposure.equalize_hist
Egalisation d’histogramme adaptative	skimage.exposure.equalize_adapthist	Algorithme CLAHE (Contrast Limited Adaptive Histogram Equalization)
Ajustement des niveaux	skimage.exposure.rescale_intensity	Réduit ou étend la plage de répartition des niveaux de l’image

Restauration#

Crée une image à partir du résultat d’une restauration sur chaque image sélectionnée.

Les fonctions suivantes sont disponibles :

Fonction	Implémentation	Commentaires
Débruitage par variation totale	skimage.restoration.denoise_tv_chambolle
Débruitage par filtre bilatéral	skimage.restoration.denoise_bilateral
Débruitage par ondelettes	skimage.restoration.denoise_wavelet
Débruitage par Top-Hat	skimage.morphology.white_tophat	Débruite l’image en soustrayant sa transformation Top-Hat

Note

L’option « Toutes les méthodes de débruitage » permet d’appliquer toutes les méthodes de débruitage à la même image. Combinée avec l’option « distribuer sur une grille », cela permet de comparer les différentes méthodes de débruitage sur la même image.

Morphologie#

Crée une image à partir du résultat d’opérations morphologiques sur chaque image sélectionnée, en utilisant un disque comme empreinte.

Les fonctions suivantes sont disponibles :

Fonction	Implémentation
Top-Hat (disque)	skimage.morphology.white_tophat
Top-Hat dual (disque)	skimage.morphology.black_tophat
Erosion (disque)	skimage.morphology.erosion
Dilatation (disque)	skimage.morphology.dilation
Ouverture (disque)	skimage.morphology.opening
Fermeture (disque)	skimage.morphology.closing

Note

L’option « Toutes les opérations morphologiques » permet d’appliquer toutes les opérations morphologiques à la même image. Combinée avec l’option « distribuer sur une grille », cela permet de comparer les différentes opérations morphologiques sur la même image.

Contours#

Crée une image à partir du résultat d’un filtrage de contours sur chaque image sélectionnée.

Les fonctions suivantes sont disponibles :

Fonction	Implémentation
Filtre de Roberts	skimage.filters.roberts
Filtre de Prewitt	skimage.filters.prewitt
Filtre de Prewitt (horizontal)	skimage.filters.prewitt_h
Filtre de Prewitt (vertical)	skimage.filters.prewitt_v
Filtre de Sobel	skimage.filters.sobel
Filtre de Sobel (horizontal)	skimage.filters.sobel_h
Filtre de Sobel (vertical)	skimage.filters.sobel_v
Filtre de Scharr	skimage.filters.scharr
Filtre de Scharr (horizontal)	skimage.filters.scharr_h
Filtre de Scharr (vertical)	skimage.filters.scharr_v
Filtre de Farid	skimage.filters.farid
Filtre de Farid (horizontal)	skimage.filters.farid_h
Filtre de Farid (vertical)	skimage.filters.farid_v
Filtre de Laplace	skimage.filters.laplace
Filtre de Canny	skimage.feature.canny

Note

L’option « Tous les filtres de contours » permet d’appliquer tous les algorithmes de filtrage de contours à la même image. Combinée avec l’option « distribuer sur une grille », cela permet de comparer les différents filtres de contours sur la même image.

Filtre de Butterworth#

Calcule le résultat d’un filtre de Butterworth sur l’image (implémentation basée sur skimage.filters.butterworth)

Redimensionner#

Crée une image qui est le résultat du redimensionnement de chaque image sélectionnée.

Binning#

Regroupe des pixels adjacents de l’image en un seul pixel (somme, moyenne, médiane, minimum ou maximum de la valeur des pixels adjacents).

Extraction de ROI#

Crée une image à partir d’une région d’intérêt (ROI) définie par l’utilisateur.

../../_images/i_roi_dialog.png — Boîte de dialogue d’extraction de ROI : la région d’intérêt (ROI) est définie en ajustant la position et la taille du rectangle de sélection.#